כידוע, יתרות חובה של בעלי מניות עד לתשלומם המלא צוברות ריבית לפי סעיף 3(ט) לפקודת מס הכנסה.
על פי פרשנות חוק מע"מ שאושרה בבית המשפט העליון, הריבית המחושבת חייבת במע"מ ונדרש בתום כל שנה להוציא חשבונית מס לבעלי המניות ולשלם את המע"מ בגין הריבית.
יצוין כי בעבר רשות מס ערך מוסף פרסמה הבהרה לפיה הריבית לפי סעיף 3(ט) כוללת כבר את רכיב המע"מ ויש לחלץ אותו ממנה.
בפרקטיקה חברות רבות לא נהגו לשלם מע"מ בגין הריבית האמורה ורק במידה והיה נערכת ביקורת מע"מ, הן היו נדרשות לשלם.
לאחרונה ועל מנת להגדיל את הציות לחוק, החל מע"מ לבדוק את נתוני הדוח השנתי של חברות מיד לאחר הגשתם למס הכנסה, לזהות חיובי ריבית שנזקפו בדוח לפי סעיף 3(ט) לפקודה ולשלוח דרישות לתשלום מע"מ עסקאות לחברות אשר לא שילמו את המע"מ במהלך השנים האחרונות בגין הריבית כאמור.
מנהלי החשבונות של החברות נדרשים להגיש דוח מתקן בהנהלת החשבונות לחודש דצמבר של השנה הרלוונטית (החל משנת 2016) שבה נמצאו חיובי הריבית עליהם לא שולם מע"מ.
בנוסף, מע"מ מעניק לחברה, שתשלם את המע"מ תוך 30 יום מיום שידור הדיווח המתוקן, ביטול של קנס הפיגורים בגין הפרש המע"מ ומסתפק בתשלום ריבית והצמדה בלבד בגין הדיווח שלא בוצע במועד.
המע"מ המשולם מהווה הוצאה מוכרת לצורך מס הכנסה.